Le Conseil Régional est doté d'un Secrétariat Général dirigé par un Secrétaire Général.

Le Secrétariat Général est composé de trois directions :

• Direction des Emetteurs(DE),

• Direction de l'Administration et de la Comptabilité (DAC),

• Direction des Acteurs (DA),

et d'un Contrôleur Interne.

Il comprend également un Service de la Réglementation et des Affaires Juridiques, un Service du Budget, un Service du Personnel, Patrimoine et Moyens Généraux et un Service des Systèmes d'Information et de la Communication.